WCSS logo

Wrocław Centre for
Networking and Supercomputing

Trainings

Szkolenie z CPMD

Agnieszka Kwiecień - May 26, 2014
WCSS ma przyjemność zaprosić Państwa na szkolenie pt. "Dynamika molekularna Cara-Parrinello dla niewtajemniczonych", które odbędzie się w dniu 16 czerwca 2014 r. w godzinach 10:00-16:00, we Wrocławiu w sali 201, bud. D-21 PWr. (zobacz położenie WCSS). Szkolenie poprowadzą: Aneta Jezierska-Mazzarello oraz Jarosław Jan Panek.

Udział w szkoleniu jest bezpłatny. Zainteresowanych prosimy o kontakt z Panem Jerzym Pankiewiczem (jerzy.pankiewicz@pwr.edu.pl).

Opis

Dynamika molekularna Cara-Parrinello (CPMD) to schemat dynamiki molekularnej oferujący dostęp do skali czasowej jedynie rzędu dziesiątek – setek pikosekund, ale pozbawiony wad klasycznych pól siłowych opartych na parametryzacji. CPMD umożliwia m.in. badania mechanizmów reakcji, struktury roztworów, zachowania się układów z wiązaniami wodorowymi. Szkolenie zapozna uczestników z podstawami teoretycznymi metody CPMD i jej przykładowymi zastosowaniami, a także przedstawi sposoby konstruowania danych wejściowych dla programu CPMD (www.cpmd.org), wizualizacji i analizy wyników (m.in. za pomocą programu VMD – www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/). Omówione zostanie też uruchamianie zadań CPMD na komputerach WCSS. Z uwagi na podstawowy charakter szkolenia, zagadnienia metod alternatywnych do CPMD (dynamika Borna-Oppenheimera), hybrydowych (QM/MM) oraz przyspieszających przeszukanie przestrzeni fazowej (np. metadynamika) zostaną jedynie zasygnalizowane, bez szczegółowego wprowadzenia. Podobnie pominięte zostaną zagadnienia kompilacji kodu CPMD, zbyt zależne od konkretnych ustawień superkomputera / klastra, którym dysponują użytkownicy.

Wymagania

Wskazana podstawowa znajomość pojęć chemii obliczeniowej (teoria DFT, bazy funkcyjne), doświadczenie w prostych obliczeniach kwantowo-chemicznych (np. z programem Gaussian), podstawy manipulacji plikami w systemie Linux.

Program ramowy

W zależności od zainteresowania uczestników oraz ograniczeń czasowych zastrzegamy sobie możliwość zmian w programie – przesunięć lub rezygnacji z pewnych fragmentów. Część seminaryjna 1
  • podstawy teoretyczne dynamiki CPMD: podobieństwa i różnice względem innych schematów dynamiki molekularnej
  • fale płaskie i pseudopotencjały
  • jak modelować fazę gazową, ciekłą i stałą?
  • kontrolowanie parametrów przebiegu dynamiki (np. termostatowanie)
  • czy tylko czyste DFT? (np. czy da się zastosować funkcjonały hybrydowe?)
Część warsztatowa 1
  • przygotowanie danych wejściowych: od współrzędnych atomowych do pliku wejściowego
  • uruchamianie obliczeń CPMD na komputerach WCSS
Część seminaryjna 2
  • zastosowania dynamiki CPMD: układy z wiązaniami wodorowymi
  • analiza wyników: parametry geometryczne, sygnatury oscylacyjne
  • dalsze kroki w świat dynamiki – QM/MM, powierzchnie energii swobodnej (metadynamika, dynamika z więzami - krótkie zasygnalizowanie problemu)
Część warsztatowa 2
  • analiza przykładowych trajektorii CPMD: parametry strukturalne, widma oscylacyjne, wizualizacja trajektorii (program VMD)

OTHER TRAININGS

Aug. 26, 2022

Poznaj możliwości portalu zasobynauki.pl

Trainings
May 9, 2022

Wstęp do implementacji modeli fizycznych przy wykorzystaniu OpenFOAM

Trainings
April 15, 2022

Introduction to numerical calculations with the use of OpenFOAM

Trainings
April 11, 2022

Analiza procesów cieplno-przepływowych przy użyciu oprogramowania typu ANSYS

Trainings
March 31, 2022

Diving into Quantum Computing

Trainings
March 7, 2022

OpenFOAM - computational fluid dynamics (CFD) simulation software

Trainings
Dec. 16, 2021

Szkolenie z systemu kolejkowego SLURM

Trainings
April 12, 2021

Warsztaty Cyfronet & NVIDIA OpenACC Bootcamp

Trainings
Feb. 16, 2021

Cykl warsztatów: High Throughput Computing with Dask

Trainings
Dec. 14, 2020

Mechanizmy HPC w języku Python

Trainings
Sept. 24, 2020

Metody zabezpieczania danych naukowych powstających podczas eksperymentów in silico

Trainings
April 16, 2020

Python in High Performance Computing

Trainings
April 16, 2020

MPI: A Short Introduction to One-sided Communication

Trainings
Sept. 18, 2019

Electronic Structure Theory Workshop: Advanced Quantum Chemistry in Python

Trainings
Oct. 19, 2018

Artificial Intelligence and HPC solutions with NVIDIA

Trainings
Dec. 4, 2017

Wprowadzenie do infrastruktury badawczej PRACE

Trainings
Jan. 15, 2015

Warsztaty "Cząsteczka w otoczeniu chemicznym"

Trainings
April 22, 2014

Szkolenie z Allinea DDT

Trainings
March 5, 2014

"Modelowanie liniowych i nieliniowych właściwości optycznych cząsteczek"

Trainings
Sept. 3, 2013

Zapraszamy na szkolenia on-line z Materials Studio i Discovery Studio - wrzesień 2013

Trainings